Tracce della presenza umana in epoca preistorica sono state trovate nel territorio di San Miniato in varie località, tra cui in Paesante dove sono stati trovati i resti di un villaggio dell’età del bronzo. Vi sono documentati inoltre insediamenti etruschi e nel II e I sec. a.C. il territorio passa sotto la dominazione romana, periodo nel quale furono particolarmente rivalutati i collegamenti viari, tra i quali importante fu la via Quictia (Firenze-Pisa), che era in parte anche un’arteria etrusca, il cui tracciato seguiva il corso dell’Arno fino a Pisa e si congiungeva con la via Aurelia.
Dopo la caduta dell’impero romano si hanno tracce di nuovi insediamenti con l’arrivo dei Longobardi, che fecero costruire in “Loco Quarto” una chiesetta dedicata a San Miniato. San Miniato aveva nel territorio limitrofo, come unico grande rivale, San Genesio, borgo di origine etrusca, situato vicino alla confluenza di importanti vie di comunicazione (Via Francigena e via Quinctia), su cui grazie all’alleanza con gli imperatori germanici riuscì a prevalere distruggendolo definitivamente nel 1248. All’inizio del ‘200 Federico II fortificò San Miniato, in quel periodo San Miniato controllava un vastissimo territorio e poteva contare sull’alleanza di numerosi castelli. Tra il 1200 e 1260 San Miniato era protetto da tre fortilizi: le Colline, Poggighisi e San Martino o Faognana. Su tutto predominava il “quartiere” di Castelvecchio dove vi era la cinta muraria: questa situazione urbanistica porterà successivamente alla divisione di San Miniato nei cosiddetti Terzieri (Castelvecchio,  Poggighisi, Fuor di Porta). In questo periodo assistiamo a un grande sviluppo edilizio, sorgono non solo molti edifici sacri (chiese e conventi) ma anche molti ospedali (spedale de Le Colline, spedale della Croce, spedale di San Martino).  L’ascesa di San Miniato si ebbe grazie all’alleanza con gli imperatori germanici che elevarono la città a sede dell’amministrazione imperiale (sede per la riscossione dei tributi). Emancipatosi dal dominio imperiale San Miniato divenne libero comune e si diede i propri Statuti. San Miniato era un castello molto forte ma la potenza fiorentina, che cercava uno sbocco verso il mare, dilagava e Firenze riuscì con la diplomazia e con la forza ad annientare e inglobare molti castelli dell’area samminiatese. Superata la peste del 1348, Firenze fu pronta ad affrontare l’ostacolo che si frapponeva tra lei e Pisa, vale a dire allo sbocco sul mare, rappresentato da San Miniato e dopo vari tentativi diplomatici e militari per soffocare le rivolte samminiatesi, Firenze nel 1369 occupa la città e  nel 1370 San Miniato firmò con Firenze la pace senza condizioni. Nel 1622, grazie all’intervento dell’arciduchessa Maria Maddalena d’Austria vedova di Cosimo II de’ Medici e reggente per il figlio Ferdinando II, San Miniato fu elevata prima a città e poi a diocesi. Nel Settecento i vescovi che si succedettero durante tutto il secolo diedero avvio alla costruzione e al restauro di numerosi edifici sacri, adeguandoli allo stile barocco, tra cui la Chiesa del Ss. Crocifisso, nella quale fu trasferito il Crocifisso ligneo oggetto di venerazione popolare custodito nell’Oratorio del palazzo comunale. L’arrivo degli Asburgo Lorena costituì un elemento di sviluppo anche sul piano urbanistico e architettonico. Nell’Ottocento San Miniato divenne sede delle carceri circondariali, del tribunale, delle scuole ginnasiali, tuttavia fu un secolo di impercettibile ma graduale decadimento.